学院构建由理事会、学院战略咨询委员会、学术委员会和产业顾问委员会组成的“四位一体”治理架构，分别承担决策、战略咨询、技术把关和产业需求导向等职能。

理事会是学院的最高决策机构，负责把方向、管大局。理事会采用“政产学研”多方参与的组成方式。学院战略咨询委员会是学院战略决策与学术发展的咨询与审议机构，由集成电路设计领域的院士及资深专家组成。学术委员会是学院的技术和学术质量把关机构，由国内外集成电路领域的院士及专家学者组成，主要负责把握技术路线的科学性，保障学院的学术水平和人才培养质量。产业顾问委员会是学院的产业需求导向机构，由合作企业的技术负责人、研发负责人及相关产业专家组成。